| エピソード1より10年後。オビ=ワン・ケノービ(ユアン・マクレガー)と、彼の熟達したジェダイの弟子へと成長したアナキン・スカイウォーカー(ヘイデン・クリステンセン)は、いまや高名な元老院議員となったパドメ・アミダラ(ナタリー・ポートマン)と久々に再会。パドメは暗殺の標的にされているのだが、その謎を突きとめようと、オビ=ワンは銀河の辺境へと旅立つ。そこで出会ったのは、かつては崇敬されたジェダイ・マスター、しかしいまは分離主義運動の主導者となっていたドゥークー伯爵(クリストファー・リー)。一方、残されたアナキンはパドメを警護するが、二人の間には恋心が芽生えていき、恋愛を禁止されているアナキンは苦悩する。また、彼は自分の母親シミ(ペルニラ・アウグスト)が捕われているのを助けに行くが、自分の腕の中で母が死んでしまい、悲しみに暮れる。やがてオビ=ワンがジオノージアンの闘技場に捕われているのを知ったアナキンとパドメは彼を助けに行くが、敵にあっさり捕まってしまう。が、メイス(サミュエル・L・ジャクソン)率いるジェダイ騎士団が闘技場に突入、またヨーダ(フランク・オズ)がクローン兵士を大量に引き連れ登場、闘技場は大乱戦に。そしてオビ=ワンとアナキンは、ドゥークー伯爵と対決。オビ=ワンは傷つき、アナキンは右腕を切り落とされる。そこにヨーダが現われ応戦。ドゥークーは逃げ去り、ヨーダはクローン戦争が始まったと呟くのだった。
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